- 與世界上最大的計量測量公司美國安捷倫科技有限公司agilent technologies建立“聯合實驗室” (2011年12月6日), 之後升級為“合作實驗室” (2017年12月11日)
- 與廣州醫科大學附屬第一醫院(呼吸疾病國家重點實驗室)成立“粵澳呼吸道病原體新藥聯合研究中心” (2012年2月20日)
- 與深圳華大基因研究院建立“聯合實驗室” (2012年3月16日)
- 與南京大學醫藥生物技術國家重點實驗室建立“聯合實驗室”(2012年5月18日)
- 與華中科技大學國家納米藥物工程技術研究中心建立“聯合實驗室” (2012年5月18日)
- 與南方醫科大學藥學院建立“聯合實驗室”(2012年5月18日)
- 與天津中醫藥大學中藥現代化國家教育部重點實驗室建立“聯合實驗室” (2012年5月18日)
- 與世界上最大的核磁共振儀及質譜分析儀的生產廠家，德國布魯克公司bruker corporation成立“質譜及其聯用技術聯合實驗室” (2012年11月6日)
- 與廣州中醫藥大學廣東省中醫藥科學院建立“聯合實驗室” (2013年4月27日)
- 與昆明理工大學生命科學與技術學院成立“中藥質量與資源利用滇澳聯合實驗室” (2013年5月6日)
- 成立 “澳門科技大學 - 澳門中藥國際標準中心” (2013年9月23日)
- 與中國農業科學研究院特產研究所，吉林省撫松縣人民政府簽定合作備忘錄成立“國際人參質量研究及產業發展中心” (2014年3月12日)
- 與廣東省藥品檢驗所簽定合作框架協議及建立“中藥檢定聯合實驗室” (2015年4月28日 – 2020年4月27日)
- 成立埃爾文⋅內爾博士生物物理與中醫藥研究室(2016年12月6日), 之後獲認定為“埃爾文內爾博士生物物理與創新藥物實驗室” (2020年9月14日)
- 與珠海市中西醫結合醫院鑒署合作協議及成立“澳門科技大學臨床教研中心” (2017年3月26日)
- 與廣州呼吸健康研究院（國家呼吸係統疾病臨床醫學研究中心）和廣東東陽光藥業有限公司（國家中醫藥管理局冬蟲夏草繁育與産品研發重點研究室）成立“粵澳東陽光冬蟲夏草聯合研究中心” (2017年8月1日)
- 與廣州中醫藥大學共建“中華人民共和國教育部 – 中醫藥防治腫瘤轉化醫學研究聯合實驗室” (2018年4月16日)
- 與珠海百試通生物科技有限公司合作共建“珠澳實驗動物產學研協同創新平臺”(2019年3月14日)
- 與廣東省實驗動物監測所、廣州再生醫學與健康廣東省實驗室和香港大學(新發傳染性疾病國家重點實驗室)簽定協議及成立 “粵港澳實驗動物創新與共用服務聯盟”(2019年9月6日) 之後獲認定為 “粵港澳實驗動物共用服務與技術創新聯盟” (2020年4月20日)
- 與暨南大學、廣東雪迪龍環境科技有限公司、廣州伊創科技股份有限公司、廣東省廣業環保產業集團有限公司、廣州禾信儀器股份有限公司、香港科技大學、廣東省環境科學研究院建立“粵港澳環境質量協同創新聯合實驗室” (2019年12月19日)
- 與廣州醫科大學附屬第一醫院(呼吸疾病國家重點實驗室)、中國科學院(廣州生物醫藥與健康研究院)、香港大學(公共衛生學院巴斯德研究中心)、廣州金域醫學檢驗中心有限公司和香港科技大學簽定合作建設協議及建立“粵港澳傳染病聯合實驗室” (2019年12月28日)
- 與廣州中醫藥大學，香港浸會大學、澳門大學、廣州悅康生物製藥有限公司建立“粵港澳中醫藥與免疫疾病研究聯合實驗室” (2020年11月25日)
- 澳科大結合中藥質量研究國家重點實驗室、中醫藥學院、藥學院、醫學院和科大醫院等學科完善的醫藥體系創立“澳門創新中藥與產業化技術創新中心” (2020年11月26日)
- 與珠海科技學院共建“珠澳中醫藥與生命健康聯合實驗室” (2022年1月13日)