由於現代科技的快速發展，工程科學應用的前沿不斷擴張，其涵蓋的範圍日趨多元而相互交叉，甚至對有關商務的精凖管理亦提出了新的要求。澳門科技大學創新工程學院的工程科學系正是因應這些挑戰而設，特色是強調學生數、理、工的根基，使其有能力緊貼科技的前沿，與時俱進。學系的學科將集成應用數學與數據科學，自動化，系統工程，生物科技，綜合模擬和管理工程等，對應計劃設立自動化與系統工程學士和*跨學科工程學士兩本科課程，目前開設課程有智能技術碩士和智能科學與系統博士課程。
工程科學系已有矚目的研究成果。按照科睿唯安(原湯森路透)於2019年5月發佈的「基本科學指標資料庫」(essential science indicators，簡稱esi)統計數據，澳門科技大學的工程科學首次進入相關學科領域全球高校及科研機構排名前1%。上海軟科於2021年發佈2021「軟科世界一流學科排名」（shanghairanking’s global ranking of academic subjects）中，澳門科技大學控制科學與控制工程學科位列世界51-75區間。
本學系聚集多領域國際高水準教師，正發展成為創新型國際認可的一流學術和人才培育機構，為大灣區智能製造、智能機器人、數位孿生、生物科技、管理工程等領域培養高素質的創新型科技人才。
*將開設3大專業包括：生物科技、綜合仿真、管理工程。