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与世界上最大的计量测量公司美国安捷伦科技有限公司agilent technologies建立“联合实验室” (2011年12月6日), 之后升级为“合作实验室” (2017年12月11日)
与广州医科大学附属第一医院(呼吸疾病国家重点实验室)成立“粤澳呼吸道病原体新药联合研究中心” (2012年2月20日)
与深圳华大基因研究院建立“联合实验室” (2012年3月16日)
与南京大学医药生物技术国家重点实验室建立“联合实验室”(2012年5月18日)
与华中科技大学国家纳米药物工程技术研究中心建立“联合实验室” (2012年5月18日)
与南方医科大学药学院建立“联合实验室”(2012年5月18日)
与天津中医药大学中药现代化国家教育部重点实验室建立“联合实验室” (2012年5月18日)
与世界上最大的核磁共振仪及质谱分析仪的生产厂家，德国布鲁克公司bruker corporation成立“质谱及其联用技术联合实验室” (2012年11月6日)
与广州中医药大学广东省中医药科学院建立“联合实验室” (2013年4月27日)
与昆明理工大学生命科学与技术学院成立“中药质量与资源利用滇澳联合实验室” (2013年5月6日)
成立 “澳门科技大学 - 澳门中药国际标准中心” (2013年9月23日)
与中国农业科学研究院特产研究所，吉林省抚松县人民政府签定合作备忘录成立“国际人参质量研究及产业发展中心” (2014年3月12日)
与广东省药品检验所签定合作框架协议及建立“中药检定联合实验室” (2015年4月28日 – 2020年4月27日)
成立埃尔文⋅内尔博士生物物理与中医药研究室(2016年12月6日), 之后获认定为“埃尔文内尔博士生物物理与创新药物实验室” (2020年9月14日)
与珠海市中西医结合医院鉴署合作协议及成立“澳门科技大学临床教研中心” (2017年3月26日)
与广州呼吸健康研究院（国家呼吸系统疾病临床医学研究中心）和广东东阳光药业有限公司（国家中医药管理局冬虫夏草繁育与产品研发重点研究室）成立“粤澳东阳光冬虫夏草联合研究中心” (2017年8月1日)
与广州中医药大学共建“中华人民共和国教育部 – 中医药防治肿瘤转化医学研究联合实验室” (2018年4月16日)
与珠海百试通生物科技有限公司合作共建“珠澳实验动物产学研协同创新平台”(2019年3月14日)
与广东省实验动物监测所、广州再生医学与健康广东省实验室和香港大学(新发传染性疾病国家重点实验室)签定协议及成立 “粤港澳实验动物创新与共用服务联盟”(2019年9月6日) 之后获认定为 “粤港澳实验动物共用服务与技术创新联盟” (2020年4月20日)
与暨南大学、广东雪迪龙环境科技有限公司、广州伊创科技股份有限公司、广东省广业环保产业集团有限公司、广州禾信仪器股份有限公司、香港科技大学、广东省环境科学研究院建立“粤港澳环境质量协同创新联合实验室” (2019年12月19日)
与广州医科大学附属第一医院(呼吸疾病国家重点实验室)、中国科学院(广州生物医药与健康研究院)、香港大学(公共卫生学院巴斯德研究中心)、广州金域医学检验中心有限公司和香港科技大学签定合作建设协议及建立“粤港澳传染病联合实验室” (2019年12月28日)
与广州中医药大学，香港浸会大学、澳门大学、广州悦康生物制药有限公司建立“粤港澳中医药与免疫疾病研究联合实验室” (2020年11月25日)
澳科大结合中药质量研究国家重点实验室、中医药学院、药学院、医学院和科大医院等学科完善的医药体系创立“澳门创新中药与产业化技术创新中心” (2020年11月26日)
与珠海科技学院共建“珠澳中医药与生命健康联合实验室” (2022年1月13日)

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